Подпрограмма 1. Обеспечение защиты публичных интересов, реализации прав граждан и организаций
Подпрограмма 2. Развитие судебно-экспертных учреждений Министерства юстиции Российской Федерации
Подпрограмма 3. Регулирование государственной политики в сфере исполнения уголовных наказаний государственной программы Российской Федерации "Юстиция"
Подпрограмма 4. Повышение качества принудительного исполнения судебных актов, актов других органов и должностных лиц и обеспечения установленного порядка деятельности судов
Подпрограмма 5. Повышение эффективности государственного управления при реализации государственной программы Российской Федерации "Юстиция"
ФЦП 6. Развитие уголовно-исполнительной системы (2007 – 2016 годы)